Le site parait habité depuis la préhistoire puisque des éléments témoins de cette époque reculée, ont été retrouvés, en particulier dans le quartier du « Sombrun ».
Mais le village a mis plusieurs siècles pour trouver sa configuration actuelle. La communauté des habitants avait pour église paroissiale, la chapelle du prieuré saint Jean-Baptiste de « Salles », au bord de l’Adour. Le prieuré dépendait de l’abbaye bénédictine de Cagnotte mais il semble avoir été abandonné des moines dès le début du 14ème siècle. Les habitants vivaient dans les fermes que l’on retrouve aujourd’hui encore entre le bourg et l’Adour. Par un acte de 1713, le seigneur de Poyanne transféra l’église paroissiale de « Salles » à la chapelle du château (emplacement de l’église actuelle) dédiée à saint Barthélémy.
Le bourg actuel s’est constitué peu à peu autour du château, maison forte puis château féodal qui évolua aux 17ème et 18ème siècles pour présenter l’aspect actuel. Les premiers habitants semblent avoir été les officiers du seigneur, notaires royaux, juges…et des commerçants.
Tout le quartier du « Cournaou », du bourg jusqu’au Louts et en limite de Laurède, relevait pour le religieux, de Saint-Geours-d’Auribat (l’église était bien plus proche que celle de « Salles ») et pour l’administration et la juridiction, il relevait du seigneur de Poyanne. Cette ambigüité s’est poursuivie au fil des siècles. Le 5 mai 1790, ce quartier est revenu officiellement à Saint-Geours- d’Auribat jusqu’au décret du 2 mai 1859 qui le lia définitivement à Poyanne.
A noter que Poyanne a été chef-lieu de canton de 1790 à 1801. Le château a abrité de 1869 à 1881 le séminaire des Jésuites de Loyola expulsés d’Espagne. Il a été le siège du grand séminaire du diocèse de 1907 à 1936. Les archives de Belgique y ont été cachées durant l’occupation allemande.
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